Türk sporunun lokomotiflerindenFenerbahçe Spor Kulübü, tam 35 dalda 100 yillik basarilarla dolu çalismalarinda çok degerli ödüller ve kupalara sahip olmustur.Fenerbahçe ilk kupasini 5 Haziran 1910’daIstanbul’un ünlü Rum kulübü Sturugglers’i 3 - 1 yenerek kazandi. Gümüs islemeli bir kupa ile baslayan bu ilk ödül ile Fenerbahçe müzesinin temelleri de atilmis oldu.1913 yilinda Altiyol agizindaki lokalde kupa ve heykellerin sayisi 10’a ulasinca bunlar için küçük bir vitrin satin alindi.1914 yilinda Kusdili’nde iki katli ahsap Lokale geçildiginde git gide zengin bir kimlige bürünen müze için ikinci katta bir oda ayrildi. Kazanilan ödülleri koymak için yeni vitrinler yaptirildi.1932 yilindaki yangina dek bulununacak Kusdili lokalinde ödüllere (kupalara) ayrilan bu küçük odanin da bir süre sonra yetmedigi, ihtiyaci karsilamadigi görüldü. Kupa, silt ve vazolarin bir bölümü diger odalara ve alt kattaki büyük salona konmaya baslandi.

Fenerbahçe Spor Kulübü'nün kupa sayisi 1932 yazi baslarinda 150’yi asmisti. Ancak kulübün ilk 25 yillik faaliyetlerinin ve basarisinin bir kaniti olan pek çok kupa, silt ve benzeri ödül 1932 yilinin 5 hazirani 6 hazirana baglayan gecesi çikan bir yangin sonucu kulüp binasi ile birlikte yok oldu.

Ancak 1932'den sonra kazanilan her türlü ödülün bugüne degin gelmesi mümkün olmustur. Fenerbahçe Burnundaki sosyal tesislerin açilmasindan sonra uzun yillar kazanilan kupa, silt ve onurluklar oradaki vitrinlerde sergilenmistir. Yeni Fenerbahçe Müzesi'nin açilisi, Fenerbahçe Spor Kulübü Müze Tarih ve Arsiv Kurulu Baskani Sertaç Kayserilioglu’nun liderliginde yaklasik bir yil süren yogun çalismalardan sonra, resmî olarak 19 Ekim 2005 tarihinde yapilmistur.

Fenerbahçe Sükrü Saracoglu Stadyumu Maraton Tribünü alt tarafinda bulunan Fenerium’un karsi salonunda, 980 m2lik bölümde yer alan Fenerbahçe Spor Kulübü Müzesi’nde, su bölümler bulunmaktadir;

1. Dünya’da futbolun dogusu ile ilgili özet dokümanlarin sunuldugu bir bölüm,
2. Fenerbahçe Spor Kulubü’nün, 1907 yilinda Nurizade Ziya Bey baskanligindaki üç kurucu üye tarafindan ilk kurulus toplantisinin gerçeklestirildigi ve mumyalariyla canlandirildigi odanin, döneminin esyalari ile sunuldugu bölüm,
3. Fenerbahçe Spor Kulübü’nün, 1899 tarihindeki “Black Stocking” ismi altinda kurulus tesebbüsü dahil, günümüze degin her dönemde kullandigi formalar, çoraplar, futbol ayakkabilari, vs. giysi çesitleri ve mesin toplarin sergilendigi bölümler,
4. Atatürk'ün 3 Mayis 1918 günü kulübü ziyaretinin ve kulüp seref defterini imzalama aninin (mumyali olarak) canlandirildigi bölüm,
5. Isgal dönemi sirasinda Kurbalidere’deki lokalden, cepheye silah kaçirilma aninin mumyalarla canlandirdigi bölüm,
6. Isgal yillarinda, Isgal Kuvvetleri’ne karsi kazanilmis olan ve “Milliyetçi Karsi Çikis Harekati”nin ilk simgesi niteligindeki “Harrington Kupasi”nin, Isgal Ordulari ile yapilan futbol müsabakalarinin orijinal fotograflari esliginde sergilendigi özel bölüm,
7. Fenerbahçe Spor Kulubü’nün, yeni bulunmus olan (1329/1913 ve 1339/1923 ) ilk iki nizamnamesinin asillari ile, Osmanlica’dan günümüz Türkçesine çevirilerinin sergilendigi özel bölüm,
8. Kurulustan itibaren kulübün tüm branslarindaki basarilarini simgeleyen kupalarin, siltlerin ve özel madalyalarin sergilendigi bölümler,
9. Fenerbahçe Spor Kulübü’nün kurulusundan itibaren bulunmus, belgelerin, beratlarin, eski üye kartlarinin, eski lisanslarin ve eski müsabakalardan fotograflarin tarihsel bir sira içinde sergilendigi bölümler,
10. Fenerbahçe Spor Kulübü ile ilgili, gerek kulüp özel arsivinde yer almis ve gerekse de isimleri altlarinda yazili özel kisiler tarafindan bagislanmis eski maç biletleri, eski kulüp piyango biletleri, ve sair ephemeral materyallerin sunuldugu bölümler,
11. Union Club Sahasi’ndan Sükrü Saraçoglu Stadyomu’na kadar, stadin evrelerinin fotograf ve maket ile sunuldugu bölüm,
12. Eski maç ve gösterilerden filmlerin devamli olarak sunuldugu “Sinema Odasi”
13. Kulüp tarihi ile ilgili bilgileri içeren kitaplarin yer aldigi, “Arsiv ve Kütüphane Bölümü” (Bilgisayar agi esligindeki istatistiki bilgilerin sunulabilmesi için çalismalar devam etmektedir.